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shRNA表达克隆

三、将测序结果与空间数据相结合

Sep 29, 2019 No Comments

细胞在组织里的空间组织信息往往折射出不同细胞在功能上的区别,以及细胞谱系和最终命运间的差异。基因表达在空间上的差异也增加了给发育中的多细胞器官做注释的复杂程度,因为不同基因的表达决定了细胞不同的分化途径,也决定了这些细胞在空间上的精确排布,并最终决定了整个组织和器官的形成。更重要的是,我们无法通过细胞的RNA表达谱来获得这些空间信息,因为进行RNA测序之前,都会先破坏组织,使细胞溶解、释放出来。可能具有相似基因表达谱的等效细胞(Equivalent cell types)能够在原位保持特定的空间结构,因此,丢失空间结构信息成为很多单细胞分析手段的致命缺陷。将细胞的空间结构信息与基因表达信息相结合,则有望解决这个问题(图6a)。我们可以借助计算机软件,或者同时收集细胞的原位空间坐标信息和基因表达值信息,来达到这个目的。

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