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shRNA表达克隆

建立东南亚精准肿瘤防治基础

Jun 09, 2020 No Comments

来自泰国癌症患者的基因组数据使得该地区向着更精准地针对个人进行肿瘤诊断测试和治疗的方向迈出了一步。

 

1. 基因和环境因素共同影响

癌症人群的特征是有差异的。例如:泰国东北部地区高水平的胆管癌患病率,长期以来,一直被归因于肝脏绒毛虫(一种寄生的扁平虫)感染。但据来自于曼谷玛希隆大学(Mahidol University)诗里拉吉精准医学研究中心(Siriraj Center of Research Excellence in Precision Medicine)的Manop Pithukpakorn表明,在过去的5到10年间,人们观察到,在泰国其他地区的人群中,肝吸虫似乎并不是胆管癌的影响因素。因此,遗传可能在其中起作用。

全球癌症人群之间的差异同样复杂。例如,头颈癌在东南亚和东亚国家人群中的发病率高于西方国家人群。与此同时,人乳头瘤病毒感染是西方国家人群中癌症的主要危险因素,但此因素在泰国人群中似乎不那么重要。

遗传因素被认为在癌症发病因素中占据了8 – 12 %的比例。为了解开环境和基因在癌症发病中的占比,泰国的研究人员需要深入了解本国人群的癌基因。

欧洲以外人群在人类基因组数据中的代表性不足,也是另一个原因。2019年,泰国政府成立了“泰国基因组学计划”(Genomics Thailand Initiative),其中一个分支部门正在收集泰国癌症患者的种系变异(遗传性突变)数据,并呼吁符合条件的泰国患者参与,同时根据个人和家族病史确定其参与资格。

项目研究人员很感兴趣的三种癌症类型是罕见癌症、儿童癌症和已知病原体变异频率较高的癌症,因为基因改变会造成这三种癌症的易感性升高。具有高频率病原体变异的癌症包括乳腺癌、卵巢癌和结直肠癌。

Pithukpakorn表明,他们的目标是建立一系列已知的癌症相关基因,并根据这些基因来检测符合条件的患者。

遗传变异检测不仅要探寻癌症风险,而且还要寻找可能影响患者响应治疗的基因,例如那些参与产生药物代谢酶的基因。

如果发现癌症患者身上有遗传性变异,就会呼吁其家族成员也进行检测。如果发现其家族成员携带该基因变异,就会对他们进行监测,并尽采取可能的预防措施。

 

2. 遗传性乳腺癌风险

全球癌症发病率和种系变异频率的差异,在泰国的乳腺癌中表现得非常显著。泰国人的三阴性(triple-negative)乳腺癌患者较多,这种类型的癌细胞缺乏乳腺癌细胞中最常见的三种受体。患者也往往比西方国家人群更年轻,并且携带更多表明其有患病遗传倾向的遗传标记。

在一项针对400名符合基因检测条件的乳腺癌患者的研究中,Pithukpakorn等人发现23 – 24 %的患者携带致病性或可能的致病性突变。相比之下,西方国家人群中的致病性突变率只有10 %左右。在这些突变中,80 %的突变发生在BRCA1BRCA2基因中,而这两种基因通常在预防癌症方面发挥着重要的作用。在西方国家人群中,BRCA1的突变频率高于BRCA2;欧洲人群的突变频率比在2:1至4:1之间;而在泰国,比例则大致是1:1。

 

3. 肿瘤检测

泰国基因组学计划的另一部分重点是检测癌症队列中一个子集人群的肿瘤组织。在携带突变的肿瘤患者中,当与适当的治疗方法相匹配时,已经观察到了引人注目的临床效果。

 

肿瘤组织检测意味着可以匹配到肿瘤突变最有效的治疗方法

肿瘤组织检测意味着可以匹配到肿瘤突变最有效的治疗方法。

 

PCR热循环处理基因组序列样品

PCR热循环处理基因组序列样品

 

玛希隆大学科学家通过电泳分离凝胶中装载的DNA

玛希隆大学科学家通过电泳分离凝胶中装载的DNA。

 

对于例如乳腺癌、肺癌和结直肠癌等已知有携带多种致病性突变的癌症,发现特定的突变并针对特定的治疗方法,或者能够表明日后的治疗是否有效。这可能会带来巨大的经济效益,因为许多新型的癌症治疗方法都非常昂贵。

例如,高达50 %的结直肠癌与KRAS基因的突变有关。这种突变意味着表皮生长因子受体阻断剂治疗将无济于事。特别是KRASFBXW7基因的突变已经被证明在泰国人群中发生的频率稍高。目前,KRAS基因突变的鉴定具有临床价值,而FBXW7的突变鉴定只具有诊断或预后价值。但随着更多的研究,这种情况可能会有所改变。

然而,只有约10 %的肿瘤检测能发现可操作的靶点,与之相反的是,基因检测被证明对患者来说具有成本效益。Pithukpakorn表明,必须让政策制定者相信,肿瘤检测是值得研究支持的。尽管肿瘤检测提供的直接利益较少,但越来越多的患者愿意接受肿瘤检测,以在未来造福于其他人。收集更多关于肿瘤突变的研究的数据将提供有价值的信息,这将促使科学家研究这些基因所涉及的致癌途径,并为目前无法应对的癌基因突变找到治疗方法。


原文检索:
Building the foundations for precision oncology in southeast Asia.
郭庭玥/编译

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