研发适用于亚洲传染性疾病菌种的疫苗

通用的疫苗可以更好地防治不同结核杆菌菌种的感染。

细菌基因组的微小变异表明研发更适用于应对亚洲菌种的疫苗是必要的，并能帮助该地区的国家追踪和处理病情爆发。

结核病是全球前10位致死性疾病之一。泰国是传染性细菌性疾病负担最重的前20个国家之一，每年有近10万个病例。然而，大多数测试疫苗的研究都是使用欧美国家的结核菌菌种，因此其未必完全适用于泰国的菌种。

泰国国家科技发展局（Thailand’s National Science and Technology Development Agency）执行副局长Prasit Palittapongarnpim教授的全基因组测序研究正在助力于查明影响泰国人群的结核菌种。

Palittapongarnpim希望测序将帮助研究人员提高疫苗的通用性。他还认为全基因组测序是一种包括泰国在内的、中等收入国家负担得起的监测传染病爆发以及更好地管理药物抗性的手段。

不同的结核菌种

自2003年以来，Palittapongarnpim团队一直在研究泰国北部清莱的结核病患者。他们已经分析了来自于1200名患者的基因序列以及他们所感染的细菌，并且刚刚开始对额外的600人进行了测序。

结核病被认为起源于7万年前，随着人类从非洲迁移，结核病在全球范围内扩大。它被认为是与人类共同进化的疾病，因为7种主要菌种中的每一种在不同语言国家的发生率都有所不同。例如，在菲律宾和印度尼西亚等太平洋岛屿常见的语言群—奥斯特罗尼亚语系（Austronesian languages）的人群中，菲律宾菌种是最主要的类型。然而，在邻国泰国，主要的菌种则是印度洋菌种和北京菌种。

在清莱的研究表明现实中更为复杂，独特的亚菌种分散在各地。清莱是泰国的一个种族多元化地区，许多人都是少数民族部落的后裔。虽然研究小组最初没有观察到关联，但当把患者分为三个民族亚群（阿卡族、拉祜族和泰族）时，则出现了不同的情况。特别是阿卡族和拉祜族亚群往往具有独特突变的亚菌种感染，而泰国亚群则没有这种情况。

Palittapongarnpim指出，在清莱发现的一些亚菌种之前从未在文献中描述过。他强调，这种疾病的多样性及其流行程度是改进疫苗的第一步。

大多数结核病研究都是基于欧美菌种，这被认为是研究的标准。但实际上这只是欧美国家的主要菌种，与亚洲重要菌种的表现形式截然不同。Palittapongarnpim指出，现在观察到了世界各地的这种多样性，我们需要积累更多的关于每个菌种的数据，以便药物开发人员能够优先考虑制作更具普适性的疫苗。

避免药物抗性

全基因组测序成本的降低，意味着它现在也是一种有帮助的筛选耐药菌种的方法。

例如，泰国目前的结核病耐药率为2 – 3 %。全基因组测序数据正在确认何时检测药物抗性是更加高效的。Palittapongarnpim解释到，现在所看到耐药性只集中在少数几个亚菌种中。

标准程序也是通过多次测试来检测结核菌的耐药性，然而有了全基因组测序，所有的测试可以一次性完成。

这有助于快速确定应当首先使用的药物。通常最初使用5种一线药物中的1种，如果一线药物因耐药性而无效，则使用二线药物。

Palittapongarnpim表明，对于一线药物，有足够的WGS数据，能够很精确地发现耐药基因的特征。目前正在尝试在医疗系统中开展全基因组测序检测的试点。目前二线药物还不适用，仍需要收集更多的数据。

发现疾病的爆发

全基因组测序也被证明在发现传染病爆发方面具有成本效益。Palittapongarnpim表示，在人口众多的泰国，拥有庞大数量的患者并不是什么稀奇事，所以传染病患者数量的增加很容易疏于发现。

此外，大多数国家都无法负担派遣训练有素的人员去追踪感染，因此的确阻碍了一些国家破译本国COVID-19的来源。拜访病人住宅并调查所有与他们有密切接触的人是不现实的。

Palittapongarnpim表示，希望对整个细菌基因组进行常规测序，这样就能够及早提出危险信号。

如果观察到细菌的基因序列在大多数人之间是相同的，这意味着患者正在互相之间传染细菌。这是一个警告标志，表明可能会爆发疫情。Palittapongarnpim表示，如果临床医生在初始就能够识别疾病爆发，权威机构就可以优先开始考虑干预的靶地区。这对公共卫生防控的影响将是巨大的。

Palittapongarnpim补充说明到，为了使传染病的公共卫生防控措施发挥作用，协调的国际努力是关键。传染病无边界，他们的工作是跨越国界并且比对数据。这将要比每个国家投资于零星的建议更有影响力。

原文检索：
Creating vaccines appropriate for Asian infectious disease strains.
郭庭玥/编译