智能软件解锁细胞内基因调控
Sep 13, 2022
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大肠杆菌基因调控网络的示意图,显示了控制基因表达的各种相互作用。
研究细胞的连接方式可以让研究人员找到行为的关键调节机制。
在剖析细胞的调节回路如何连接时,一些研究人员打起了移液器的主意。Emily Miraldi则依靠她的键盘。
作为俄亥俄州辛辛那提儿童医院(Cincinnati Children’s Hospital)的计算和系统生物学家,Miraldi使用数学来了解是什么让细胞系统运转,并预测它们对环境的反应。作为博士后,她与纽约市纽约大学(New York University)的计算生物学家Richard Bonneau和免疫学家Dan Littman合作。 2006年,Bonneau等人建立了一个名为Inferelator1的计算建模工具,该工具使用基因表达数据来推断名为转录因子的DNA结合蛋白如何控制特定基因的表达。研究人员可以使用生成的网络图来跟踪经过细胞的信息流,识别——也许还有改造——控制关键过程的调控因子。