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shRNA表达克隆

(一) 定向蛋白质组学

Mar 24, 2010 No Comments

定向蛋白质组学(Targeted proteomics)是指通过质谱技术快速检测目标蛋白的技术,该技术灵敏度高、重复性好

11目前,常规的“鸟枪法(shotgun)”蛋白质组分析方法是首先将蛋白混合物消化成肽片段,然后进行自动化串联质谱分析。理论上说,这种方法可以发现样品中的所有蛋白,但实际操作中,鸟枪法极具挑战性,且需要消耗大量资源。不过,对多数实验类型来说,研究人员的目的并非要发现新蛋白,而是想了解在不同条件下数量相对较少的那部分蛋白的变化情况。

针对这些研究目的的实验和定向方法,诸如选择反应监测(SRM)或多反应监测(MRM)则能提供灵敏度更高和速度更快的分析。尽管开发和验证SRM分析是一个漫长的过程,但一旦建立了针对某种蛋白的SRM,就能在复杂的生物样品中对该种蛋白进行准确定性与定量分析了。

其实SRM方法许多年前就出现了,但直到最近它才在蛋白质组学领域初试牛刀。瑞士苏黎世联邦理工学院(ETH)分子系统生物学研究所的Ruedi Aebersold教授等人在推动这项技术发展上功不可没。今年,他们在《细胞》(Cell)杂志上发表文章,指出应用SRM定向蛋白质组学方法能扩大细胞内蛋白水平的检测范围,靶蛋白的检测灵敏度可提高至50个拷贝/细胞,这种表达水平的蛋白用普通方法是无法检测的。在近期的《自然-方法》(Nature Methods)杂志上,Ruedi Aebersold小组还展示了廉价的粗制合成的肽段库也可用于SRM分析的高通量开发技术。此外,多个实验室的合作研究表明SRM分析在多个不同实验室之间具有可重复性。

尽管要建立一个全蛋白质组的SRM分析数据库还任重道远,但是此领域的快速发展使我们相信高通量、超灵敏的蛋白检测终将实现。

 

原文检索:Allison Doerr. (2010) Targeted proteomics. Nature Methods 7 (1): 34.
董云巧/编译

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